國家林業局大熊貓保護管理專家委員會委員、浙江大學生命科學院教授方盛國所領導的課題組，係統地開展了大熊貓的保護遺傳學研究，通過對四川（包括甘肅）大熊貓與秦嶺大熊貓遺傳分化和形態分化兩方麵的對比研究發現，秦嶺大熊貓與四川大熊貓遺傳分化發生了較大變異，分子證據表明，秦嶺大熊貓種群大約在1萬年前產生分化後，在進化力作用下，已發育成大熊貓的一個新亞種，並命名為秦嶺亞種。作為國家“973”項目的標誌性成果之一，這項研究近日通過了科技部專家組的鑒定。同時，《美國哺乳動物學雜誌》近期刊登了該研究小組的論文，這份權威的動物分類學刊物首次將中國大熊貓定名為四川指名亞種和秦嶺亞種.標誌著大熊貓秦嶺亞種得到了國際動物學界的公認。
    秦嶺大熊貓將是今後中國大熊貓研究的重點，並為研究和保護中國大熊貓增加了新的內涵和提出了新的課題。亞種是形成新物種的前奏曲，其存在也使物種的基因多樣性更為豐富,與國內其它山係的大熊貓種群相比，秦嶺大熊貓是一個更為古老和原始的新亞種種群，在遺傳多樣性上更具有研究價值。2004年完成的全國第三次大熊貓調查結果顯示，秦嶺野生大熊貓種群數量為273隻，僅占全國大熊貓總數的17%，可見“大熊貓秦嶺亞種種群更瀕危，基因更珍貴！”專家呼籲，要緊急采取有效措施，防止大熊貓秦嶺亞種滅絕。同時，要采取多種措施保證大熊貓秦嶺亞種的純度，盡快建立大熊貓秦嶺亞種繁育基地，以防遺傳基因汙染和優良基因喪失。